Paroki Santo Yosef Freinademetz Mautapaga berdiri secara resmi pada tahun 1993 sebagai pemekaran dari Paroki Katedral Kristus Raja Ende. Mengambil teladan Santo Yosef Freinademetz SVD, misionaris perintis yang mewartakan kasih Kristus dengan semangat kerendahan hati ("Bahasa yang dimengerti semua orang adalah cinta kasih"), paroki ini terus bertumbuh melayani ribuan jiwa umat beriman di Kevikepan Ende, Keuskupan Agung Ende.
Gereja paroki berlokasi strategis di Mautapaga, menjadi mercusuar persekutuan iman, pembinaan OMK, dan penguatan Komunitas Umat Basis (KUB).
